Partant du problème général des modèles en biologie (Canguilhem 1968), le concept d'« organisme modèle » a permis de réfléchir à l'histoire de différents objets d'études, à leurs conditions d'émergence et aux communautés de recherche formées ou soudées autour d'eux. De nombreux travaux d'histoire des sciences ont porté sur différents organismes modèles, de la drosophile (Kohler 1994) à Arabidopsis thaliana (Leonelli 2007).
Nous proposons de confronter le concept d'organisme modèle aux concepts d'organisme exemplaire et d'organisme-outil, afin de dissocier des entités ayant une fonction épistémique (qu'elle soit représentative, explicative ou heuristique), sans nécessairement avoir statut de « modèle ». Peut-on penser l'exemplarité sans la modélisation ? C'est le cas en particulier dans les disciplines comme la zoologie ou la paléontologie, où des individus dits « spécimens » ont vocation à servir d'« onomatophores » (porte-noms).Notre symposium portera intérêt non à la bio-médecine en général, mais à des disciplines spécifiques. Par l'étude comparée de disciplines soit dans le processus de leur constitution (la biologie moléculaire), soit qui ne recourent pas explicitement aux « modèles », nous espérons contribuer à la compréhension de la manière dont les sciences naturelles se constituent. En confrontant l'organisme modèle à ses frontières, nous proposons d'étudier la manière dont se pose la question de la « compréhension » en science, ainsi que la question des « ontologies » plurielles de la biologie, ou « bio-ontologies ».
